O Diário do Engenho está estruturado a partir de uma divisão por temáticas e gêneros assim dispostos:
Da hora! : coluna dedicada a eventos locais e nacionais, tem caráter informativo-opinativo e privilegia a apresentação de matérias especiais sobre temas variados.
Time da casa: coluna reservada aos nossos colunistas-colaboradores fixos.
Editorial: é palavra institucional no site, traz textos opinativos e o posicionamento político do site frente às questões nacionais.
Causos e casos: espaço aberto para o texto literário – especialmente crônicas e poemas.
Parpite: coluna de caráter opinativo, conta com colaborações eventuais e espontâneas enviadas à redação e sujeitas à aprovação dos editores.